
Από το ίδιο βράδυ άρχισαν να γίνονται λεηλασίες και φόνοι. Την επόμενη μέρα και ενώ άρχισαν να καταφθάνουν στην πόλη τούρκικες τακτικές δυνάμεις οι σφαγές και οι λεηλασίες άρχισαν να συστηματοποιούνται στις Ελληνικές και στην Αρμένικη συνοικία. Τα πλοία που ευρίσκοντο κοντά στην προκυμαία δεν εδέχοντο πρόσφυγες. Οι Σμυρνιοί, άλλοι μένουν κλεισμένοι στα σπίτια τους και άλλοι σπεύδουν να βρουν προστασία σε νεκροταφεία και εκκλησίες. Ηρωική μορφή στην τραγωδία της Σμύρνης στάθηκε ο Μητροπολίτης της Χρυσόστομος.
Ο Χρυσόστομος γεννήθηκε στη σκλαβωμένη Ιωνία και ανέλαβε την πρώτη μητροπολιτική του έδρα στη Δράμα την εποχή που η βουλγαρική προπαγάνδα οργίαζε και οι Βούλγαροι κομιτατζήδες με την εγκληματική τους δράση προσπαθούσαν να εκβουλγαρίσουν την ελληνική Μακεδονία. Το 1911 ο Χρυσόστομος ανέλαβε Μητροπολίτης στη Σμύρνη ξεκινώντας έναν τιτάνιο αγώνα για τη θεμελίωση της Μεγάλης Ιδέας. Όταν οι Τούρκοι εισήλθαν στη Σμύρνη ο Χρυσόστομος παρέμενε σ’ αυτήν, αρνούμενος να φύγει μαζί με τις άλλες ελληνικές Αρχές. Ακόμα και μετά την είσοδο των Τούρκων ο Ιεράρχης αρνήθηκε τη μεσολάβηση ξένων διπλωματών που προθυμοποιήθηκαν να τον βοηθήσουν να φύγει. Παρέμεινε μόνος όρθιος Ιωνικός στύλος, η μόνη ελληνική Αρχή στην πόλη που κατεκλίζετο από τους βαρβάρους του Κεμάλ. Στις 27 Αυγούστου το βράδυ κλήθηκε ο Χρυσόστομος να παρουσιαστεί στον Τούρκο φρούραρχο Νουρεντίν μαζί με δύο δημογέροντες. Μόλις τον είδε, του είπε : « Εσύ είσαι ο παπάς που βρίζεις τους Τούρκους; Γουρούνι, θα δεις τι τιμωρία σου ετοιμάζω. Εσύ κι οι Έλληνές σου είστε λαός χαμάληδων και χαμάληδες θα σε δικάσουν ». Έτσι κι έγινε. Σε μια από τις αίθουσες του δικαστηρίου είχαν συγκεντρωθεί άνθρωποι του υποκόσμου, χαμάληδες και τουρκικά κακοποιά στοιχεία προκειμένου να τον δικάσουν. Μόλις εμφανίστηκε αγέρωχος ο Ιεράρχης, αυτοί άρχισαν να τον προπηλακίζουν, να του τραβούν τα γένια και τα ράσα και να τον φτύνουν. Ενστικτωδώς οι Σμυρνιοί δημογέροντες προσπάθησαν να προστατεύσουν τον Ιεράρχη τους, αλλά οι Τούρκοι τους έδεσαν προκειμένου να δουν το μαρτύριο και τον εξευτελισμό του θρησκευτικού τους ηγέτη. Το λαϊκό δικαστήριο των εγκληματιών έβγαλε την απόφασή του που ήταν : « Να σταυρωθεί … να σταυρωθεί όπως ο Χριστός τους ». Ο Νουρεντίν διέταξε τον έφεδρο Λοχαγό του τουρκικού στρατού Ρουστέν Μπέη Βάσιτς να εκτελέσει την απόφαση του λαϊκού δικαστηρίου. Ο Βάσιτς κατεβαίνοντας τα σκαλιά του Διοικητηρίου μαζί με τους τρεις μελοθάνατους, τον Χρυσόστομο και τους δημογέροντες, δεν προλαβαίνει να βγει στο προαύλιο γιατί ξεπροβάλλει φρενιασμένος ο Νουρεντίν στο κεφαλόσκαλο και τραβώντας το περίστροφό του πυροβολεί τον Χρυσόστομο. Ήταν τέτοια η λύσσα του που το χέρι του έτρεμε από την οργή και αντί να πλήξει τον Χρυσόστομο τραυμάτισε θανάσιμα τον δημογέροντα Κλιμάνογλου. Με τον πυροβολισμό και την έξοδο του Χρυσοστόμου στο προαύλιο το πλήθος ορμά. Ο βαρβαρικός τουρκικός όχλος με πέτρες και ξύλα χτυπούν τον Χρυσόστομο. Τον κτυπούν ανελέητα, του ξεριζώνουν τα γένια κι ένας τούρκος χαμάλης του βγάζει με το μαχαίρι του το ένα μάτι. Ο Χρυσόστομος αιμόφυρτος, σιωπηρός, περήφανος, χωρίς να ικετεύει και να λυγίζει στον εχθρό, σέρνεται από το πλήθος και αφήνει την τελευταία του πνοή αναφωνώντας : « Θεέ μου ! ». Ο Βάσιτς έπρεπε όμως να εκτελέσει τη διαταγή που πήρε. Έτσι λοιπόν κρέμασε το άψυχο σώμα, ένα κουφάρι κυριολεκτικά από καταξεσκισμένες σάρκες, στην περιοχή του Τρικιλίκ, κοντά στον σιδηροδρομικό σταθμό Σμύρνης.
Με τον θάνατο του Χρυσοστόμου ο Νουρεντίν έδωσε το σύνθημα στον όχλο, στους άτακτους Τούρκους και τον τακτικό στρατό γι’ αυτό που θα ακολουθούσε τις επόμενες ημέρες, με αποκορύφωμα την εφαρμογή του σχεδίου του που ήταν ο εμπρησμός της Ελληνικής και Αρμενικής συνοικίας. Η πυρκαϊά που τέθηκε βάσει οργανωμένου σχεδίου σάρωσε όλη την πόλη αφήνοντας άθικτη την εβραϊκή και την τουρκική συνοικία, και επεκτάθηκε σε πλάτος δύο μιλίων. Οι Έλληνες μοναδική σωτηρία είχαν πλέον την θάλασσα. Σκηνές φρίκης εκτυλίχθηκαν τις ημέρες που εμαίνετο η πυρκαϊά, ενώ η προκυμαία είχε γεμίσει από πτώματα.